早い時代に「医薬分業」に手を付けたヨーロッパと違い、日本では、医学は、中国からの漢方医学とオランダ医学の影響下で発展し、医師が薬を調剤する方法が長く続けられてきました。

そんな状態でしたから、明治以降、開国によって、多くの西洋医がやってきたときも、日本に薬剤師の存在はゼロで、手術をしようにも、日本には薬がありませんでした。

国内にある薬は、偽物だったり、質の悪い薬ばかりでした。

1870年（明治3年）明治政府は、オランダの蘭方医学から、ドイツ医学の採用に踏み切りました。

ドイツ医学の導入を日本が決めた理由には、それまでの蘭方医学も、その大部分がドイツ本の翻訳によるものであり、世界最高水準の医学をドイツ医学と考えたこともありますが、薩・長に就いたイギリスの、強圧的な態度を牽制する意味もあったと言われています。

1871年（明治4年）には、薬学の研究者をつくる急務に先立ち、現在の東大に薬学部が創られました。そこでは混ざり物の多い悪質な薬に対する分析学が求められたと言われています。

1874年（明治7年）には、 政府は「医制」を公布し、「薬舗主」（後の「薬剤師」）に調剤権を賦与しました。

この法律は、薬の品質の維持とともに、医師の自由診療の調合により、不当に高い薬の価格に対し、その安定を図る意味もありました。

1889年(明治22年)「薬品営業竝薬品取扱規則（薬律）」が公布され、それまでの「薬舗主」を「薬剤師」とし、薬剤師の職能と薬局についての制度が規定され、ここに「薬剤師」が誕生しました。

しかし、当時は薬局・薬剤師の数が需要に追いつかなかったり、「附則」では医師による調剤が認められていたりして、真の医薬分業にはまだ距離がありましたが、初の「薬剤師」はこの法律をもって、誕生したと言えます。

1956年、米国薬剤師協会の医薬分業を実施すべきとの勧告を受けて、「医師法、歯科医師法及び薬事法の一部を改正する法律（「医薬分業法」）」の改正にて、医薬分業制度が法制化されました。

しかし、医薬分業には多くの例外規定が付されていました。

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